O MEI está sujeito a fiscalização da Receita Federal, das secretarias de Fazenda dos Estados e também das Secretarias Municipais de Finanças.
A fiscalização ocorre em primeira instância pelo sistema de dados da Receita Federal e Estadual pela verificação de movimentação de notas
fiscais, seja ela de compra ou venda.
Por fim a Prefeitura também faz a verificação dos pagamentos em atraso.
Além das fiscalizações tributárias, também poderão ser realizadas fiscalizações trabalhistas, sanitárias, ambientais, metrológicas e de segurança contra incêndio, sendo estas, obrigatoriamente orientadoras na primeira visita, conforme prevê o artigo 55 da Lei Complementar 123/2006.
Também poderá ocorrer fiscalização orientadora quanto ao uso e ocupação do solo, conforme prevê a Lei Complementar n. 147/2014.
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