SIM! A existência de débitos não impede o fechamento da empresa, porém, as dívidas que não forem quitadas serão transferidas para o CPF do empresário ou do sócio, se houver.
Porém, nossa recomendação é quitar os débitos antes de encerrar o CNPJ, assim você evita que a Receita Federal cobre impostos, contribuições e penalidades com juros. Além de você ficar com o seu nome negativo por conta dos débitos.